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由于柑橘生长量大、产量相对较高，同时又是多年固定在一处生长，故而根际环境的优劣对其影响很大。微生物菌肥所提供的有益菌能有效改善果树根际土壤环境：施用微生物菌肥后，果园土壤容重变小，土壤孔隙度增大，土壤透气性得到改善;有机质含量明显提高，土壤供氮和供磷能力增强，土壤酸碱性得到改善，有利于土壤中养分的释放;土壤中有益微生物的种类和含量增加，改善了土壤中微生物群落的菌落结构，减少病原菌对柑橘的危害。
微生物菌肥可以提高柑橘坐果率，提升果实的品质，如：从内在品质看，可以提高果实的可溶性固形物和含糖量、糖酸比和香气品质;从外在品质看，提高了果实着色度和硬度，果形大小较匀称。微生物菌肥还可以有效增加果实的单果重并显著提高单位面积产量，说明微生物菌肥有效保证了营养的持续供应，促进了植株光合作用和碳水化合物的合成。
生长方面
微生物菌肥可有效促进柑橘的生长发育，促进土壤表层根系的发生与生长，促进根系对各种矿质元素的吸收，在提高化肥利用率、降低化肥使用量和减少环境污染的同时，对果树的健康和可持续生产起着关键作用。
病虫害方面
微生物菌肥可以抑制土壤中的真菌和线虫及柑橘根部病虫害，提高植株免疫力和抵抗力，在很大程度上缓解柑橘的黄化及黄龙病
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